游戏包含三种模式：
1. **X68000原始模式**：忠实模拟1993年夏普（SHARP）个人电脑版本的玩法。
2. **Arrange模式**：采用16:9屏幕，重新设计了画面和角色。
3. **Time Attack模式**：玩家在有限时间内在线竞争得分，可以选择2分钟或5分钟模式。

《棉花小魔女：重启！》的1.01版本更新补丁现已发布。

1. **控制器按键显示**
– 对于Xbox控制器和其他控制器（通用Xinput兼容控制器和DirectX兼容控制器），连接后按键显示已修改为符合Xbox控制器规格。
– 如果连接PS4控制器，仍将使用PS4控制器按键显示。如果未连接PS4控制器，则按钮将显示为Xbox按键。

2. **新增游戏退出菜单**
– 已添加至主菜单中。

3. **新增屏幕模式切换菜单**
– 在配置中新增了全屏模式和窗口模式的选择项。更改模式并保存配置后，下次启动系统时，屏幕模式将为保存时所选择的模式。

4. **针对刷新率高于60Hz的显示器进行速度调整**
– 在窗口模式下，速度管理已更改为独立于刷新率。